我国古代哲学理论，系古人对自然界万事万物性质及其发展变化规律观察、归纳的总结。医学中的阴阳学说则是古代辨证的思想方法与医学经验相结合的产物。
即以阴阳的对立与统一，消长与转化的观点，说明人与自然界的关系，并概括医学领域里的一系列问题。解剖方面：归纳人体脏腑组织的属性如《灵枢．寿天刚柔篇》：「是故内有阴阳，外亦有阴阳；在内者，五脏为阴，六腑为阳；在外者，筋骨为阴，皮肤为阳。」
生理方面：分析人体的生理机能。
如《素问、生气通天论》：「阴者，藏精而起极也；阳者，卫外而为固也。」说明阴代表着物质的储藏，是阳气能量的来源；阳代表机能活动，起着卫外而固守阴精的作用。
病理方面：阐明病理变化的基本规律。
如《素问、阴阳应象大论》：「阴胜则阳病，阳胜则阴病；阳胜则热，阴胜则寒。」又如《素问、调经论》：「阳虚则外寒，阴虚则内热；阳盛则外热，阴盛则内寒。」等等。
诊断方面：对病症属性归类的总纲，把阳证与阴证作为总的鑑别要领。
如《素问、阴阳应象大论》：「善诊者，察色按脉，先别阴阳。」
治疗方面：确定泻其有余，补其不足，调整阴阳相对平衡的原则。
如《素问、至真要大论》：「寒者热之，热者寒之」又如《素问、阴阳应象大论》：「阳病治阴，阴病治阳。」等等。
此外，药物的性能、针灸的手法等，也有相应的阴阳属性。临床上，就须注意证之阴阳与治之阴阳的关系。
综上说明，阴阳既是基础理论的重要组成部分，又是总结临床经验的工具。但是，这个学说也只能根据一些直觉的体验对事物内部的相互关系作粗略的说明。
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